El Consejo colegial es el órgano que coordina la vida del Colegio Mayor. Está formado por los colegiales becarios que llevan por lo menos tres años en Mendaur. Con la beca se reconoce el protagonismo de un colegial en Mendaur, su madurez, su implicación en primera persona; simboliza su papel activo en el proyecto formativo del Colegio Mayor. El Consejo Colegial se reúne al menos cinco veces al año para tomar el pulso a la vida colegial y trazar las líneas maestras de las actividades que se van a desarrollar en las semanas siguientes.