La estructura del Colegio Mayor está dividida en diferentes órganos, cada uno con una función distinta, pero con un único objetivo: conseguir la mejor versión de cada colegial. Personas independientes a la vida colegial diaria, colegiales de sede Campus y colegiales de los pisos se reúnen periódicamente para analizar el funcionamiento del Mayor y plantear proyectos o mejoras para el futuro.

Al mismo tiempo, estos órganos actúan siendo conscientes de que todo lo que plantean es pensando en el crecimiento personal de cada colegial y que el llevar a cabo todas y cada una de las propuestas depende de la iniciativa de cada miembro del colegio mayor.

Los órganos que estructuran el Colegio Mayor Mendaur son: Patronato de Gobierno, Consejo académico, Dirección, Club universitario, Decanato, Consejo colegial y Capellanía.